數(shù)年前，人類以超級(jí)戰(zhàn)艦“轟天號(hào)”，在南極擊潰“哥吉拉”，并且將“哥吉拉”封印在地底下。但是地球除了“哥吉拉”以外，還有許許多多的怪獸，對(duì)各大人類都市虎視眈眈。于是，人類成立了“地球防衛(wèi)部”，專門對(duì)付各種怪獸的入侵。而地球防衛(wèi)部最強(qiáng)大的成員，就是當(dāng)年封印哥吉拉的“轟天號(hào)”以及其艦長“道格拉斯·戈登上?！?。 　　此外，為了應(yīng)付怪獸對(duì)人類造成的困擾，地球防衛(wèi)部特別甄選了有特殊能力的人類，這些“超人類”擁有普通人類所沒有的“M染色體”，讓這些人類擁有比普通人更強(qiáng)大的體能跟敏捷性，以應(yīng)付怪獸的攻擊，其中的佼佼者就是“尾崎真一少尉”。 　　就在不久之前，人們挖到一個(gè)巨大怪物的遺骸，而且怪物擁有機(jī)械跟生物的本質(zhì)，懷疑能夠?qū)⑸锔鷻C(jī)械結(jié)合起來的怪物應(yīng)該來自于外太空。不久，尾崎真一收到來自嬰兒島“小美人”的警告，這個(gè)怪物是當(dāng)年被“魔斯拉”給封印的“蓋剛”，蓋剛的出現(xiàn)代表著人類...